ปอเนาะเป็นสถาบันการศึกษาที่มีประวัติความเป็นมาตั้งแต่มีชุมชนมุสลิมเกิดขึ้น ภูมิภาคชายแดนใต้ได้พัฒนาและเปลี่ยนวิถีชีวิตสู่อิสลามมาตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ ๑๓ ความรุ่งเรืองของอิสลามในภูมิภาคนี้ได้รับการขนานนามเป็น “ระเบียงของมักก๊ะฮฺ” (มักก๊ะฮ. หรือเมกกะ เป็นศูนย์กลางของศาสนาอิสลาม ตั้งอยู่ในประเทศซาอุดีอาระเบีย เป็นสถานที่มุสลิมทั่วโลกต้องหันหน้าเข้าหาทุกเวลาเมื่อปฏิบัติศาสนกิจ) ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้จะมีเพียง ๒ แห่งคือ ปาตานี-ดารุสซาลาม และเมืองอาเจะห์ บนเกาะสุมาตรา ประเทศอินโดนีเซียปัจจุบัน

การเปลี่ยนแปลงและพัฒนาจากความเชื่อหนึ่งไปสู่อีกความเชื่อหนึ่ง จะมีหลายรูปแบบ บางอย่างเมื่อมีการเปลี่ยนแล้วเปลี่ยนเลย บางอย่างยังคงมีร่องรอยที่สามารถเห็นได้ เช่น โบราณสถาน วัตถุบูชาต่างๆ หลายอย่างยังสามารถมองเห็นได้ในวิถีชีวิตประจำวัน อาทิ วัฒนธรรมประเพณีที่เกี่ยวข้องกับการแต่งกาย พิธีกรรมภาษาพูด การละเล่น พิธีการในงานบุญอีกมากมาย ในชุมชนมุสลิมจะมีการเปลี่ยนแปลงมากมาย หลายอย่างที่ขัดกับหลักการศาสนาอิสลาม จะค่อยเลือนหายไปจากชุมชน สิ่งหนึ่งที่จะกล่าวให้คนรุ่นหลังได้รับรู้ คือ รูปแบบการเรียนรู้และการถ่ายทอดคุณธรรมทางศาสนา ที่ยังคงดำรงอยู่อย่างมั่นคงในสังคมมุสลิมคือระบบและรูปแบบการศึกษาปอเนาะ อาจจะกล่าวได้ว่ามีลักษณะรูปแบบบางอย่างที่คล้ายกับสำนักตักสิลาในวิถีทางฮินดู พราหมณ์หรือพุทธศาสนา เป็นกระบวนการเรียนการสอนเชิงลึกในสาขาใดสาขาหนึ่ง คือเมื่อใดมีผู้รู้ในสังคม ผู้คนในและนอกชุมชนจะมาขอสมัครเป็นลูกศิษย์ โดยส่วนใหญ่ผู้เรียนที่เรียกว่า “โต๊ะปาเก” (Tok Fakeh หรือ Fakir?) จะปลูกกระต๊อบเล็กๆ ในบริเวณใกล้บ้านผู้รู้ซึ่งจะเรียก “โต๊ะครูหรือตวนฆูรู (Tok Guru หรือ Tuan Guru)” ผู้เรียนจะต้องหุงหาอาหารกินเอง หรือบางทีอาจจะต้องช่วยโต๊ะครูในการทำอาชีพในช่วงเวลาว่าง โดยเฉพาะทางการเกษตร เช่น ดำนา เกี่ยวข้าว หรือกรีดยาง หรือทำสวนผลไม้ ฯลฯ เพราะโต๊ะครูต้องมีรายจ่ายในครอบครัวเช่นคนทั่วไป ในขณะที่รายรับของโต๊ะครูอาจจะมีเพียงการบริจาคหรือการรับซากาต (ศาสนทาน) ที่ไม่มากนัก แต่ความรับผิดชอบในการจัดการบริหารและดูแลปอเนาะค่อนข้างจะหนักหน่วง เพราะโต๊ะครูบางท่านต้องรับภาระคนแก่ คนพิการ เด็กกำพร้า คนถูกทอดทิ้ง ฯลฯ ที่มาอาศัยอยู่ในปอเนาะด้วย

การเรียนการสอนในปอเนาะจะมีหลายสาขา เช่น วิชาว่าด้วยพระเจ้าอัลกุรอาน อัลหะดิษ ภาษาอาหรับ ประวัติศาสตร์หรือดาราศาสตร์ ฯลฯ โต๊ะครูอาจจะมีความรู้และเชี่ยวชาญเฉพาะสาขา นักศึกษาทุกคนจะต้องนำกีตาบ (ตำราศาสนา) มากางเรียนต่อหน้าโต๊ะครู (Menadah Kitab) ตำราศาสนาภาษามลายูเขียนด้วยอักขระอาหรับจะเรียกว่า “กีตาบ-ญาวี” ช่วงเวลาการเรียนในแต่ละวันจะแยกวิชาและประเภทของกีตาบตามความเหมาะสม ทุกคนต้องหมั่นท่องจำอัลกุรอานและอัลหะดิษให้แม่นยำ เพื่อการอ้างอิงที่จำเป็นอย่างยิ่ง แต่ละคนจะรู้ตัวเองดีว่ามีความรู้ความสามารถที่จะจบการศึกษาเมื่อใด (จะไม่มีการกำหนดเวลาในการเรียน) มีลูกศิษย์หลายคนที่โต๊ะครูให้ไปเรียนต่อที่อื่น เพราะสาขาวิชาหรือความรู้ที่ตนเองมีไม่เพียงพอ และต้องการสนับสนุนให้ลูกศิษย์มีความรู้มากขึ้น เพื่อกลับเป็นผู้นำหลักการอิสลามไปเผยแผ่อย่างถูกต้องและสร้างเสริมคุณธรรมของชุมชน ส่วนใหญ่ผู้ที่สำเร็จการศึกษาจากปอเนาะจะกลับไปสอนศาสนาในฐานะครู (Uztad) เป็นโต๊ะครู หรือบางคนจะเป็นโต๊ะอิหม่าม หรือกรรมการมัสยิด ทุกคนจะเป็นเสาหลักในการสร้างคุณธรรมและเป็นผู้นำทางจิตวิญญาณที่สำคัญ คุณสมบัติเหล่านี้ล้วนเสริมสร้างรากฐานความมั่นคงของสังคมประเทศมานานนับร้อยนับพันปี

หรือว่าเราจะเห็นคล้อยกับผู้นำบางประเทศที่หาแก่นกึ๋นคุณธรรมไม่ได้ แต่ชอบกล่าวหาคนอื่นที่ไม่เห็นด้วยกับตนว่าเป็น “ผู้ก่อการร้าย” ทุกคนตลอดกาลกระนั้นหรือ?