การเก็บรักษาอัฐิธาตุของไทยในชั้นแรกได้รับอิทธิพลมาจากคติในพุทธศาสนา เมื่อเผาศพแล้วเอาอัฐิธาตุฝังและก่อกองดินหรือกองหินไว้ ตรงที่ฝังเรียกว่า “สถูป” บรรดาชนชั้นสูงก็ก่อพระเจดีย์บรรจุอัฐิธาตุ ส่วนคนชั้นต่ำจะนำอัฐิธาตุไปฝังหรือกองไว้ใต้ต้นโพธิ์ แต่กระนั้นธรรมเนียมการเก็บรักษาพระบรมอัฐิและพระอัฐิของราชสำนักตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาจนถึงสมัยกรุงรัตนโกสินทร์มีการเปลี่ยนแปลงตามความเหมาะสมกับความเชื่อและสถานการณ์บ้านเมือง

สมัยกรุงรัตนโกสินทร์เกิดความเปลี่ยนแปลงธรรมเนียมการเก็บรักษาพระบรมอัฐิและพระอัฐิจากเดิมที่ใช้วัดต่างๆ มาเป็นการเก็บในพระบรมมหาราชวัง อันมีมูลเหตุตามที่เล่ากันมาว่า เมื่อพระปฐมบรมมหาชนกหลบหนีภัยพม่าข้าศึกหลังเสียกรุงศรีอยุธยาไปเมืองพิษณุโลกแล้วสวรรคตลงที่นั่น ภายหลังมีการถวายพระเพลิงเรียบร้อยแล้วจึงนำพระบรมอัฐิกลับมาถวายพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก แต่ไม่ทรงมีพระราชประสงค์ที่จะบรรจุพระบรมอัฐิในเจดียสถานด้วยทรงมีพระราชดำรัสว่า “ถ้าบ้านเมืองแตกเสียจะได้พาเอาไปด้วย” ประกอบกับการเปลี่ยนแปลงธรรมเนียมการถือน้ำพระพิพัฒน์สัตยาจากเดิมในสมัยกรุงศรีอยุธยาที่ต้องไปถวายบังคมพระรูปพระเจ้าอู่ทอง ที่เรียกกันว่า พระเทพบิดร ครั้นพระรูปองค์นี้เสียหายจึงโปรดเกล้าฯ ให้เปลี่ยนเป็นการถวายบังคมพระบรมอัฐิสมเด็จพระปฐมบรมมหาชนกแทน ทำให้ไม่มีการบรรจุพระบรมอัฐิ

ต่อมาพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกสวรรคตเกิดปัญหาว่าจะถวายบังคมพระบรมอัฐิของพระองค์ใดมากกว่ากันและเพื่อไม่ให้เป็นการเสื่อมพระเกียรติของอีกพระองค์หนึ่ง จึงตกลงให้ถวายบังคมพระบรมอัฐิทั้งสองพระองค์พร้อมกัน จนเป็นธรรมเนียมการเก็บรักษาพระบรมอัฐิในพระบรมมหาราชวัง และให้ถวายพระบรมอัฐิพระเจ้าแผ่นดินทุกรัชกาลในพิธีถือน้ำสืบมา จนเป็นประเพณีแพร่หลายในหมู่คนทั่วไปที่ได้แบบอย่างการเก็บรักษาพระอัฐิของเจ้านายตามวังไปกระทำตาม

สถานที่ใช้ประดิษฐานพระบรมอัฐิที่สร้างในสมัยนี้คือ หอพระธาตุมณเฑียร อยู่ทางด้านทิศตะวันตกของพระราชมณเฑียร เคียงคู่กับหอพระสุลาลัยพิมาน ที่ประดิษฐานพระพุทธรูปสำหรับทรงสักการะอยู่ทางทิศตะวันออก นอกเหนือจากพระบรมอัฐิของสมเด็จพระปฐมบรมมหาชนก กับพระบรมอัฐิของบุรพกษัตริย์ทั้ง ๔ รัชกาล ยังประดิษฐานพระอัฐิของพระราชวงศ์ที่ทรงนับถือเป็นพิเศษ เช่น พระอัฐิสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอในพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกทั้งสองพระองค์

หอพระนาก เป็นสถานที่ประดิษฐานพระบรมอัฐิและพระอัฐิที่สร้างขึ้นแต่ครั้งต้นกรุงรัตนโกสินทร์ เนื่องจากสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว โปรดเกล้าฯ ให้รับพระอัฐิของพระบรมราชวงศ์ฝ่ายในที่ทรงศักดิ์เสมอด้วยพระองค์เจ้าลูกหลวง (หมายถึง พี่นาง น้องนาง และพระราชธิดาในพระมหากษัตริย์ที่ดำรงพระยศเป็นพระองค์เจ้า) ที่ไม่มีเจ้าพี่เจ้าน้องมีวังส่วนพระองค์ เวลานั้นพระอัฐิเจ้านายเหล่านี้ยังมีจำนวนน้อย เป็นการอนุโลมตามการเก็บรักษาพระอัฐิที่ท้ายจระนำวัดพระศรีสรรเพชญ์มาแต่ครั้งกรุงเก่า

ศึกษาข้อมูลเพิ่มเติมได้จาก เรื่อง “การเก็บรักษาพระบรมอัฐิและพระอัฐิ”. หนังสือ “ธรรมเนียมพระบรมศพและพระศพเจ้านาย”. โดย นนทพร อยู่มั่งมี. มติชน. ๒๕๕๙