สมเด็จพระสังฆราช (ศรี) ทรงเป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์แรก แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ เสด็จสถิต ณ วัดระฆังโฆสิตาราม ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช

พระประวัติตอนต้น ไม่ปรากฏหลักฐานแน่ชัด มีแต่ร่องรอยในพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรี ฉบับหมอบรัดเล ว่า เมื่อครั้งที่สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี เสด็จไปตีชุมนุมที่เมืองนครศรีธรรมราช หลังจากเสร็จศึกแล้ว ก็ทราบว่ามีพระสงฆ์ที่หนีกรุงเมื่อคราวกรุงแตก พ.ศ. 2310 มาอยู่ที่เมืองนครศรีธรรมราช หนึ่งในนั้นคือพระอาจารย์ศรีแห่ง วัดพนัญเชิง ซึ่งพงศาวดารฉบับนี้จดไว้ว่า

“อนึ่งให้สังฆการีนิมนต์พระอาจารย์ศรีวัดพนัญเชิง ซึ่งหนีพม่าออกมาอยู่ ณ เมืองนครนั้น ให้รับเข้ามากรุง กับทั้งพระสงฆ์สามเณรศิษย์ทั้งปวงด้วย…จึงทรงพระกรุณาโปรดตั้งพระอาจารย์ศรี เป็นสมเด็จพระสังฆราช” และทรงสถาปนาเป็นสมเด็จพระสังฆราช นับเป็นสมเด็จพระสังฆราชพระองค์ที่ 2 แห่งกรุงธนบุรี (ก่อนหน้าคือนั้น พระอาจารย์ดี แห่งวัดประดู่) และสถิตอยู่ ณ วัดบางว้าใหญ่ (วัดระฆังโฆสิตาราม)

จนถึงปีสุดท้ายแห่งรัชสมัยสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี สมเด็จพระสังฆราช (ศรี) ได้ถูกถอดจากตำแหน่งเนื่องจากได้ถวายวิสัชนาร่วมกับ พระพุฒาจารย์ วัดบางหว้าน้อย (วัดอมรินทราราม) และพระพิมลธรรม วัดโพธาราม (วัดพระเชตุพน) เรื่องพระสงฆ์ไม่ควรไหว้คฤหัสถ์ที่เป็นอริยบุคคล ดังพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรี ฉบับหมอบรัดเล จดไว้ว่า

 “ถึงมาตรว่าคฤหัสถ์เป็นพระโสดาบันก็ดีก็ดี แต่เป็นหินเพศต่ำ อันพระสงฆ์ถึงเป็นปุถุชน ก็ตั้งอยู่ในอุดมเพศอันสูง เหตุทรงผ้ากาสาวพัตร และพระจตุปาริสุทธิศีลอันประเสริฐ ซึ่งจะไหว้นบคฤหัสถ์ อันเป็นพระโสดานั้นก็มิบังควร”

ด้วยข้อวิสัชนานี้เอง สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี จึงให้ลงโทษและถอดเสียจากตำแหน่งพระสังฆราช ลงมาเป็นพระอนุจร (พระธรรมดา) ดังพระราชพงศาวดารกรุงธนบุรี ฉบับหมอบรัดเล จดไว้ว่า “แต่พวกราชาคณะให้ตีหลังองค์ละร้อยที…แล้วให้ถอดพระราชาคณะทั้งสามนั้น จากสมณฐานันดรศักดิ์ลงเป็นอนุจร”

แล้วสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี ทรงตั้งพระโพธิวงศ์ เป็นสมเด็จพระสังฆราช และตั้งพระพุทธโฆษาจารย์ เป็นพระวันรัต เพราะพระราชาคณะทั้งสององค์นี้ได้ถวายวิสัชนาแก่สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีว่า “พระสงฆ์ปุถุชน ควรจะไหว้นบคฤหัสถ์ ซึ่งเปนโสดาบันนั้นได้”

จนสมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกยึดอำนาจสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี และมีการปราบดาภิเษก ก็เกิดแผ่นดินใหม่ นั้นคือ แผ่นดินสมัยรัตนโกสินทร์ และพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ก็ได้ทรงชำระความพระสงฆ์ และทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้คืนสมณฐานันดรศักดิ์และตำแหน่งดังเดิม ให้แก่ สมเด็จพระสังฆราช (ศรี) ดังมีรายละเอียดในพระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 1 ฉบับเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ (สะกดตัวอักษรตามต้นฉบับและจัดย่อหน้าใหม่)

“ในปีขานจัตวาศกนั้น พระบาทสมเดจพระเจ้าอยู่หัวทั้งสองพระองค์ทรงพระราชดำริห์ว่า ฝ่ายข้างอาณาจักรได้ตั้งแต่งข้าราชการตามกำหนดเสรจแล้ว ควรจะจัดการข้างฝ่ายพุทธจักรทำนุบำรุงพระพุทธสาสนาซึ่งเสื่อมทรุดเศร้าหมองนั้น ให้วัฒนาการรุ่งเรืองสืบไป

จึ่งดำรัศให้สมเดจพระสังฆราช พระพุทธาจาริย พระพิมลธรรมซึ่งเจ้ากรุงธนบุรีให้ลดโทษถอดเสียจากพระราชาคณะนั้น โปรดให้คงที่สมณถานันดรศักดิ์ดังเก่า ให้คืนไปอยู่ครองพระอารามตามเดิม

แลสมเดจพระเจ้าอยู่หัวทั้งสองพระองค์ จึ่งดำรัศสระเสริญว่าพระผู้เปนเจ้าทั้งสามพระองค์นี้ มีสันดานสัตยซื่อมั่นคงดำรงรักษาพระพุทธศาสนาโดยแท้ มิได้อาไลยแก่กายแลชีวิตร ควรเปนที่นับถือไหว้…”

(จาก พระราชพงศาวดารกรุงรัตนโกสินทร์ รัชกาลที่ 1 ฉบับเจ้าพระยาทิพากรวงศ์ ฉบับตัวเขียน. นิธิ เอียวศรีวงศ์ บรรณาธิการ และ นฤมล ธีรวัฒน์ ผู้ชำระต้นฉบับ. อมรินทร์, 2539)

ส่วนสมเด็จพระสังฆราช องค์เก่าที่สมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรีตั้งขึ้นมานั้น โปรดไม่ให้สึก ด้วยความที่รู้พระไตรปิฎกมาก พระองค์ไม่โปรดให้สึก ให้เป็นพระต่อไป

และสมเด็จพระสังฆราช (ศรี) ทรงเป็นกำลังสำคัญในการชำระและฟื้นฟูพระพุทธศาสนา ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้า ฯ